En el Archivo Municipal de Santa Fe se han organizado en los últimos años diferentes exposiciones, unas promovidas por el propio Archivo, como El Catastro de Ensenada en Santa Fe, 1752 (2002) o La Guerra de la Independencia en Santa Fe, 1808-1814 (2008), y otras en colaboración con el Instituto de América, como Isabel la Católica en Santa Fe (2004) o Las Capitulaciones y los títulos para la conquista de América (2007).
También se ha colaborado con otras instituciones como la Fundación Caja Rural de Granada en la exposición Antes y Después (2007) o con la Junta de Andalucía en la exposición conmemorativa del V Centenario de la Real Chancillería de Granada.
Exposiciones en sala
De Santa Fe a las Indias. El primer viaje de Colón. 17 de abril-12 de octubre de 1492
Instituto de América, 2015
Andalucía imaginada. Fotografías, 1910-1930
La Caixa. Centro Damián Bayón, septiembre-octubre de 2009
La Guerra de la Independencia en Santa Fe
Sala del Pósito, mayo de 2008
Antes y después. Tesoros bibliográficos recuperados
Fundación Caja Rural de Granada. Sala Zaida, Granada, febrero-marzo de 2007
Las Capitulaciones y los títulos para la conquista de América
Centro Damián Bayón, abril-mayo de 2007
Isabel la Católica en Santa Fe
Instituto de América, abril-mayo de 2004
Del viejo al nuevo mundo. Documentos para la historia
Sala del Pósito, abril de 1997